Japonsko tvoria 4 hlavné ostrovy, na ktoré pripadá 95 % rozlohy Japonska: Honšú, Kjúšú, Šikokú, Hokkaidó. K nim sa radí 1000 km dlhé súostrovie Rjúšú, v ktorom je najväčší ostrov Okinava. V oceánii patrí Japonsku súsostrovie Ogasawara. Ostrovy Honšú a Kjúšú spája 13 km dlhý železničný tunel Kaumon. Najbližším susedom je Rusko, ktoré je ostrovmom Sachalin oddelené od Hokkaidó 43 km širokým La Pérousovým prieplavom. Od Kórey – Kórejským prieplavom (140km), v ktorom leží súostrovie Cušima.
Ostrov Honšú je známy hlavne mestom Hiroshima, na ktoré v roku 1945 bola zhodená americká atómová bomba. Dnes tu možno vidieť múzeum, ktoré vypovedá o celej katastrofe Peace Memorial Park.
Honšú je s ostrovom Šikoku spojený dvoma mostami. Nachádza sa tu najkrajší park v Japonsku – Ritsurin. V meste Tokushima sa v lete koná známy letný festival Awa Odori. Neďaleko sa nachádza sieť jedinečných morských vírov Naruto, ktoré sú významnou turistickou atrakciou.
Na ostrove Hokkaido sú rozsiahle národné parky s vulkanickými pohoriami, jazerami a horúcimi prameňmi. Žije tu aj posledný domorodý japonský kmeň Ainu. V zime ostrov láka návštevníkov na prírodné predstavenia – kúpanie opíc v horúcich prameňoch v horských kúpeľoch Judanaka a tancujúce žeriavy.
Na ostrove Kjúšú leží mesto Nagasaki, kde bola zhodená na konci 2.svetovej vojny druhá atómová bomba. V meste sa nachádzajú známe pamätihodnosti ako Glover House, Čínsky chrám a Čínska štvrť. Medzi ostrovmi Kjúšú a Honšú vedie prvý podmorský tunel na svete.
Súostrovie Okinawa leží na juhu Japonska. Má prekrásne tyrkysové more, koralové útesy a nádherné biele pieskové pláže Onna Beach a Manza Beach. Tunajšia príroda sa hrdí tiež skupinou jaskýň Gyokusendo a početnými koralovými útesmi.